【医学与健康科技创新工程进展快报  第42期】

 

病原生物学研究所卫生部病原系统生物学重点实验室在病原菌毒力因子数据库研究方面取得新进展，相关研究成果近日在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，题为《VFDB2019：带有交互式web界面的比较病原基因组平台》（VFDB 2019：a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface）的文章。

毒力因子是病原体所编码的能够促使其在宿主环境中定植、繁殖和致病的基因产物的统称。病原菌毒力因子数据库（简称VFDB，http://www.mgc.ac.cn/VFs/）由病原所重点实验室建立并长期维护。经过十多年的持续建设和发展，VFDB已经成为国际上最大的病原菌毒力因子资源中心，被国内外同行广泛使用。目前，每年约有来自170 多个国家和地区的十万余名用户访问VFDB数据库，总点击次数超过两百万次。

 

 

近年来新一代测序技术带来的生物大数据对病原菌毒力因子相关的数据分析提出了新的挑战。为了满足日益增长的大数据分析需求，病原所重点实验室首先于2016年完成了对VFDB基础数据的分层整合与优化完善（Nucleic Acids Res. 44:D694），近期又自主设计开发了全新的病原菌毒力因子在线分析系统VF analyzer。该系统首先通过直系同源蛋白的识别避免了由旁系同源带来的假阳性；然后利用VFDB的分层数据集进行循环迭代式的相似性检索，从而显著提高了毒力因子识别的灵敏度和特异性；并且设计开发了基于基因簇位置信息的毒力因子识别优化算法，使得自动分析系统VF analyzer达到了毒力因子识别准确率接近人工分析的水平。该分析系统一经推出，立刻受到了国内外相关领域研究人员的广泛关注。截至目前，系统在线运行不到四个月，已经完成了来自全球的超过一千株病原菌基因组的毒力因子分析任务。

该研究得到永利集团3044官网欢迎您医学与健康科技创新工程（2017-I2M-3-017）以及国家重点研发计划等项目的支持。论文第一作者为博士研究生刘博，通讯作者为杨剑研究员。

论文链接：    https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gky1080/5160975

 

(病原生物学研究所)